El mapa de esta startup acelerará nuestra búsqueda de Parkinson

Cuando alguien cercano a ella desarrolló la enfermedad de Parkinson, Katharina Volz comenzó a trabajar. Su IA ahora está creando una base de datos en 3D que podría revelar nuevas terapias para las condiciones más insolubles.

Katharina Volz tiene la misión de resolver uno de los problemas más incómodos de la droga: una cura para la enfermedad de Parkinson. Pero a diferencia de las decenas de investigadores antes que ella que intentaron, y fracasaron, encontrar un tratamiento para el trastorno neurodegenerativo complejo, Volz adopta un nuevo enfoque: hacer un mapa.

“Parte del problema es que la enfermedad de Parkinson es muy poco conocida y es una enfermedad muy compleja, por lo que es difícil tener una idea completa de lo que realmente está sucediendo”, dice Volz, fundador y director ejecutivo de la startup médica OccamzRazor. Ella espera que al usar la inteligencia artificial para mapear todo lo que sabemos sobre la enfermedad de Parkinson, su startup podrá llenar los vacíos en nuestro conocimiento y adaptarse a posibles remedios.

En 2015, Volz acababa de completar su doctorado en biología de células madre en Stanford, cuando recibió una llamada telefónica con la noticia de que alguien cercano a él había sido diagnosticado con la enfermedad. “De alguna manera sacudió mi mundo al revés”, dice ella. “Estaba completamente devastada, me quedé en casa dos días y lloré”. Y luego empezó a trabajar. “Hice esta resolución de que encontraré una cura para la enfermedad de Parkinson”.

Pero antes de que Volz pudiera comenzar a encontrar una cura, tenía que averiguar exactamente lo que ya sabíamos sobre la enfermedad. Quería construir un sistema que pudiera recopilar decenas de millones de conjuntos de datos (artículos científicos, datos de ensayos clínicos, patentes, registros de pacientes y datos genómicos) y extraer automáticamente esa información para revelar nueva información sobre el Parkinson.

“Sabía que teníamos que construir un sistema de procesamiento de lenguaje natural solo para obtener la información en el formato en el que estaba”, dice Volz. Para hacer esto, recurrió al laboratorio de inteligencia artificial de Stanford, que ayudó a la startup a desarrollar un sistema artificial inteligente que podría tomar frases de la literatura médica, etiquetar correctamente diferentes genes, proteínas y metabolitos e identificar la relación entre estas sustancias etiquetadas.

El sistema OccamzRazor luego combina todos estos datos en un gráfico 3D que Volz llama Parkinsome, un mapa completo de todo lo que sabemos actualmente sobre el Parkinson. Además de mapear los componentes genéticos del Parkinson, Parkinsome también detalla todas las proteínas conocidas, los tipos de células y los metabolitos que juegan un papel en la enfermedad, y los medicamentos que se sabe que interactúan con ellos.

El primer desafío para Parkinsome es averiguar si existen medicamentos utilizados para otras afecciones que podrían curarse para el Parkinson. Una vez que se identifican los posibles tratamientos, Volz tiene la intención de asociarse con compañías farmacéuticas para llevar los medicamentos candidatos a través del costoso proceso del ensayo clínico y comercializarlos. “No quiero esperar otros diez, 20 o 30 años para que esto suceda”, dice Volz. “Quiero llevar medicamentos eficaces a los pacientes de Parkinson lo antes posible”.

Pero puede que no se trate de arrojar inteligencia artificial a los datos. A menudo, la literatura científica sobre una enfermedad es contradictoria o, a veces, incluso incorrecta. Volz dice que su sistema puede identificar resultados contradictorios y eliminarlos del Parkinsome, pero también hay cosas sobre el Parkinson que aún no conocemos, y la búsqueda no generará información que no existe para empezar. “Definitivamente hay lagunas en el conocimiento”, admite Volz. “Algunas veces nosotros [will] Tengo que hacer un experimento para llenar el vacío. “

La compañía, que nombra al líder de inteligencia artificial de Google Jeff Dean como inversor y cuenta con el asesoramiento del biólogo celular Randy Schekman, ganador del Premio Nobel, no compartirá su plataforma directamente con los investigadores, pero está trabajando con la Fundación Michael J. Fox para identificar nuevas áreas que podrían conduce a una investigación fructífera.

Para Volz, Parkinsome es solo el comienzo. La base de datos OccamzRazor ya incluye información sobre una amplia gama de condiciones que, según dice, podrían beneficiarse de un enfoque similar dirigido por IA. “Observamos una enfermedad a la vez, hablamos de todo el conocimiento existente y lo conectamos entre sí”.

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